Varios sencillos de la banda sonora fueron alteradas conservando la música original de cada misión del juego. Se hizo para que sonara más limpia, arrebatadora y épica, al igual que en los demás juegos en cada misión solo hay disponible una sola música en todo el escenario.
Varias misiones sufren cambio de tiempo. Mientras que en Metal Slug 2 toda una misión era de día, etc., en esta versión cambia el panorama.