Al contrario que su precuela, que contaba con una historia original escrita específicamente para el juego, esta entrega narra toda la historia original de la serie, desde el comienzo del viaje de Monkey D. Luffy hasta el arco de Dressrosa, que cuenta con una historia original alternativa a la historia canónica, dado que el arco no había sido finalizado en el manga y el anime al momento del lanzamiento. A parte de lo mencionado, el juego cuenta con varias novedades, como la inclusión de jefes gigantes y ligeros cambios en las mecánicas de juego.