Nexus es un juego de acción tridimensional en tercera persona con elementos de plataformas, disparos y rol, en el que el jugador controla al lombax Ratchet, que porta un amplio arsenal de armas y artilugios, así como a su compañero Clank, a quien Ratchet lleva como mochila para hacer uso del Helipack, además de tener sus propias secciones. Ratchet tiene un conjunto de movimientos básicos similar a las entregas anteriores con un esquema de control actualizado, tiene muchas armas y artilugios que regresan, así como varios nuevos con un enfoque en la manipulación de la gravedad y la interacción con el Infraverso. Clank tiene secciones de juego completamente nuevas, que son secciones de desplazamiento lateral bidimensional en las que es enviado al infraverso, y atraviesa este entorno manipulando su gravedad.